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研究和解决新形式下加强制度建设、促进村民自治和基层党风廉政建设问题，必须以“三个代表”重要思想和党的十七大精神为指导，牢固树立科学发展观，坚持解放思想、实事求是、与时俱进，根据农村经济社会发展中存在的问题，提出应对的基本思路。用创新来支撑坚定的执政信念，牢牢掌握工作的主动权，不断开创工作的新局面：一是遵循规律、勇于探索。遵循客观规律，继承优良传统，以改革的精神贯穿于现实工作中，积极探索加强农村基层党组织建设的新途径和新方法。二是要善于总结、寻求突破。要在设置党组织上有新的突破、在创建活动载体上有新的突破、在落实领导责任制上有新的突破，对民主选举制度、党员民主权利保障制度、责任目标考核制度、党员廉政责任制度、民主评议党员制度、三会一课制度、党的监督制度等进行进一步健全和完善。三是要把握核心、促进发展。提高农村党员干部的综合素质乃是农村基层党组织工作中的重中之重，要完善教育培养机制，严格管理，把好两关，从而进一步增强党的凝聚力、战斗力和执政能力。
一、村民自治建设在体制上存在的经济、政治、文化方面的功能性障碍
当我们认真领会“三个代表”重要思想和科学发展观的理论内涵并对照新农村建设的目标要求来度量乡村村民自治结构时，发现现行乡村体制在经济、政治、文化方面不同程度存在着急待解决的功能性障碍。
．乡村经济组织结构的低效率与新农村建设的高效益存在着反差
在经济问题上，必须按照先进生产力的发展要求加强制度建设，从根本上消除束缚生产力发展的体制性障碍，为经济发展注入新的活力。农村行政村应是农民政治自治与经济合作的组织的统一体。村民自治既是政治自治也是经济自治。村级组织的结构，必须有符合市场法则、权责配套、决策高效、综合竞争力强的要素作支撑。从我们考察过的村看，一些经济不发达的村级组织逐步演变为“准行政执法机构”，成为上级行政机关的附属物，客观上造成了发展经济职能的“缺位”，村级体制无法形成一个紧密型的、有组织活力的结构。一些经济发达的村级组织，逐步演变为“福利机构”，尤其是近郊农村福利化倾向导致部分农民逐渐变为“食利者”阶层，平均分配土地经营带来的利润将直接导致集体经济的弱化。一些村生产组织化程度低，其发展指导思想偏向物业、租赁业，而不愿意搞工业。
2．乡村民主选人机制与加强制度建设、促进村民自治的要求不相适应
现行的村级体制，是在党的领导下村民进行自我管理的基层群众性自治组织，这一组织形式确立了乡村政治的民主化走向和村民自治发展的终极目标，要完成这一终极目标，必须使农民由现实政治的被动接受者，转变为现实政治的积极参与者。然而，我们所到之处，都反映农民开会用钱“买”的现象，使政治参与成为“商品”。
在现行体制下，村民内部选人与市场机制选人之间存在矛盾。由于只有本村村民才具备选举权和被选举权，由此便呈现两种不同的情况。一是经济不发达的村，大量青壮劳力外出求学经商务工，留村人员总体素质相对弱化。加之党员结构老化，文化水准低下，当选人员中政治强人和经济能人寥寥无几。一些村在选党支书和村民委员会主任时，矮子中拔长子，当选对象既无政治水平，又缺管理经验和致富能力，致使村里经济越来越糟。二是经济发达的村，随着村级经济越来越庞大，对管理人才的要求越来越高，但根据《村民委员会组织法》，“两委”班子成员不能社会化推选，因而高层次管理人才缺少引进的机制，村级经济实体的运转面临管理危机。
3、现行乡村体制在功能上与“思想道德素质、科学文化素质明显提高”、“可持续发展能力不断增强”等新农村战略目标存在矛盾
农民在一般条件下，往往寻求个体利益最大化，不同程度表现出对乡村公共利益的漠视，对农户个体利益的重视。有些村支书反映，即使村里有钱，农民也不会同意用来投入新农村硬件建设，而宁愿平均分掉。一旦发生农户与乡村组织之间的有关投入方面的纠纷，有时“两委”的正确决策可能被村民大会否决。不提高农民的思想道德素质和科学文化素质，不改变现行乡村体制，新农村建设的一些举措别说实施，就是出台也很难。
而在一些不发达的乡村，家庭联产承包责任制使农户成了乡村唯一形式的生产经营单位，生产过程的决策与管理通过家长来完成，而绝大多数农民受教育程度低，传统观念和保守性约束较深，对于乡村组织实施的行政行为抱着无所谓的态度，致使乡村行政组织和党团组织的功能弱化。在这样一种状态下，要使“可持续发展能力不断增强，生态环境得到改善，资源利用效率显著提高”显然是不可能的。
二、培植制度建设和村民自治的经济、政治、文化基础
加强制度建设,促进村民自治和基层党风廉政建设不是空对空，必须在经济、政治、文化发展行程上和谐统一。
．通过工商化带动农业现代化，改变现有生产方式，建立现代工商业企业式乡村体制
这一行程可称为工商化带动农业现代化规律，要求以促进乡村先进生产力的发展，提高产出效益为重点，分为如下几个过程运作：
①培植主导产品，推进项目建设。应当提出必须在农户家庭经营的基础上发展土地适度规模经营，实践中不应把两者对立起来。作为县乡级行政组织，应立足本地实际作长远规划，面向市场需求，精心选择名特优产品项目进行科技示范、点子帮扶，实行一村一品、一镇多业的发展格局，以项目建设促进结构调整和扩大种植规模。集中发展优势产业，努力发展生态农业、旅游观光农业，着力构筑独具特色的企业品牌，以品牌优势促进乡村项目建设。在这一过程中，应允许多种经营形式并存，如家庭企业、村办企业和股份合作制企业等，其中涌现出的龙头企业，可以升级为公司的形式经营品牌。
②构造“公司（农场、合经经济组织）+农户”生产经营体制，建立与农户的紧密关系。乡村经济的发展是一个自然的历史过程，也是一个把握机遇、抓住规律能动促进发展的过程。在引导土地规模经营过程中，必须有经营大户产生，在这种情况下，构造“公司（农场、合作经济组织）+农户”的生产经营体制势在必行，主要内容包括：公司对农户提供良种、生产资料、技术、产品销售等方面服务，农户不再单个向上缴纳税费，而是由企业统一上缴，农户与公司之间按照契约合同各自承担义务和享受权利。对劳务用工实行成本核定、按劳取酬。